襄阳市第一人民医院拟对如下项目进行采购，欢迎符合条件且诚意合作的供应商报名参与。

一、项目概述

项目编码：XYYYTP-2021128

项目名称：襄阳市第一人民医院人类疾病斑马鱼模型新药筛选重点实验室6例样本单细胞测序外送检测

项目预算总额：根据本项目内容，根据市场行情单项报价。

项目概述：襄阳市第一人民医院人类疾病斑马鱼模型新药筛选重点实验室6例小鼠睾丸精液单细胞测序，涉及单细胞测序、分析和作图。

二、项目商务资质要求

（一）供应商资质要求：

1.公司注册资金不少于 50 万元（必有项）

2.公司注册时间不少于1年（必有项）

3.只允许注册法人名下一家公司报名（必有项）

4.公司经营范围需包含本项目（必有项）

①法人授权书

②公司营业执照，经营范围包含本项目概述的内容。

③具备履行合同所必需的设备和专业技术能力的证明材料

5.被委托人与委托人签订的劳动合同或劳务合同和由劳动保障部门提供的社保证明或查询社保网站对单位为个人缴纳社保金进行截图。（必有项）

（二）投标文件要求：

必须提供装订成册一式五套的投标文件（含一正四副），包含的内容依次为：

1.标书目录（注意标明页码）（必有项）

2.投标函、廉洁承诺书（必有项）

3.报价表（响应院方采购文件配置需求一览表表）（必有项）

4.法定代表人身份证（含法人身份证正反面复印件）（必有项）

5.授权委托书（格式详见附件1）（必有项）

6.被委托人与委托人签订的劳动合同或劳务合同和由劳动保障部门提供的社保证明或查询社保网站对单位为个人缴纳社保金进行截图。（必有项）

7.提供现场资质审查的原件资料（与“项目商务资质要求” 中第4条一一对应；是复印件的需加盖有关联公司的公章）（必有项）

8.公司财务状况（可选项）

9.近3年同类项目业绩的印证材料，例如：中标通知书、经济合同、发票等等（必有项）。

（三）注意事项：

数据隐私保护：不得泄露样本信息，不得将本项目中产生的任何数据和样本表型信息数据泄露或用做其他用途。

数据交付要求：1.提供完整的实验操作流程、软件版本、技术说明、注释文件等；2.提供样本质检、质控报告，数据质控结果等信息；3.提供完整的实验报告，内容见技术要求部分。

付款方式：先付款10%，待测完样本后付招标金额的60%，我方审核检测和分析结果确认合格后，付剩余30%。

三、采购技术要求和技术指标

（一）技术要求：

1. 单细胞消解：细胞活性90%以上，细胞数大于10^5，成团率小于5%。其他指标达到SeekOne^® MM上机标准；

2. 文库和测序质量要求：文库构建质控要求反转录cDNA，安捷伦4200主峰位于400~750bp，每个转录组文库测序数据量不低于100G，测序R2端 Q30>75%，无GC分离；

3. 使用 Illumina NovaSeq 高通量测序平台进行 PE150 测序；

4. 每个样本预期细胞捕获数目6000-7000个；

5. 在测序平台上能够自动生成的图，要根据我方实验室的要求，协助我方进行分析作图并调整成为我方想要的图片展示形式，最终结果以图片形式交付；

6. 在测序平台上不能自动生成的图，可作为个性化服务，要根据我方实验室的要求，协助我方分析作图，最终结果以图片形式交付。

7. 交付结果需达到我方的要求，要求详情见附件2：单细胞测序分析需求表。

8. 得到单细胞测序数据后进行的分析内容主要包括但不限于：数据质控、标准化、细胞注释、定量分析、聚类、差异基因表达、细胞类型占比、差异基因 GO，KEGG富集分析、PPI网络构建、运用算法查找关键基因、拟时序分析、关键基因轨迹路线分析等。

 

（二）分析服务技术指标：

 

单细胞转录组	分析内容					备注
标准分析	1.数据质控
	2.有效Barcode统计，测序饱和度统计
	3.基本数据分析，细胞数目统计，单个细胞reads数目统计等
	4.基因表达定量，获得表达基因及其表达量数据
	5.统计基因数、线粒体UMI占比
	6.聚类分析，提供tSNE/UMAP聚类分析、PCA分析等
	7.差异基因分析，针对不同cluster 中的基因进行差异分析
	8.Marker基因鉴定及展示
	9.差异基因功能富集，包括GO和KEGG；Reactome
	10.差异表达基因转录因子注释
	11.蛋白互作分析
多样本分析	1.多样本数据整合（利用Seurat V3/Harmony进行多样本整合分析）
	2.去除批次效应
	3.多样本质控可视化
	4.细胞分群图展示（根据客户提供的样本分组信息进行注释）
	5.细胞群之间的差异基因分析
	6.多样本聚类分析，提供tSNE/UMAP聚类分析、PCA分析等
	7.多样本cluster占比图
	8.差异基因功能富集，包括GO和KEGG；Reactome
	9.差异表达基因转录因子注释
	10.蛋白互作分析
个性化分析	1. 标准分析流程中提供两个样品整合的UMAP图和singleR自动注释图
	2. 注释结果达到文章发表级别，需根据文献报道细胞类群marker进行的表达进行手动注释
	3. 基于图谱注释基础上进行分析：marker展示Heatmap图、tsne图和violin图归到一类
	4.差异富集分析归为一类
	5. PPI互作分析：提供PPI分析表格
	6. 文档需是monocle3分析结果
	7. SCENIC（转录因子互作网络分析）
	8. 细胞互作分析(cellphoneDB)

四、采购项目综合要求

1.投标人需指定相应技术人员对本项目进行售前售后技术指导和支持；

2.投标人咨询和售后相应技响应时间应小于48小时；

3.投标人应提供不少于一次的技术培训；

4.投标人承诺数据保存时间不少于2年；

5.投标公司应具备计算服务器等大数据处理设备，同时能够为我方提供使用权限，便于我方进行数据分析。

五、项目评分标准

评委根据本项目承办科室所提出的各项要求，对投标人进行综合评判，并客观公正地进行推荐排序。

六、谈判程序和方法

（一）本次采购为价格谈判采购。供应商应派其授权代表持有效身份证件按采购文件规定的时间递交谈判响应文件，并准备参加谈判。

（二）供应商应当在谈判文件“供应商报名须知”要求的截止时间前，将响应文件密封送达谈判会议现场。在截止时间后送达的响应文件为无效文件，谈判小组应当拒收。

（三）供应商在提交响应文件截止时间前，可以对所提交的响应文件进行补充、修改或者撤回。补充、修改的内容作为响应文件的组成部分。补充、修改的内容与响应文件不一致的，以补充、修改的内容为准。

（四）谈判小组在对响应文件的有效性、完整性和响应程度进行审查时，可以要求供应商对响应文件中含义不明确、同类问题表述不一致或者有明显文字和计算错误的内容等作出必要的澄清、说明或者更正。供应商的澄清、说明或者更正不得超出响应文件的范围或者改变响应文件的实质性内容。

（五） 谈判小组所有成员应当集中与单一供应商分别进行谈判，并给予所有参加的供应商平等的谈判机会。

七、谈判资格评审

谈判小组将依据磋商文件要求，对所有供应商提交的谈判文件进行资格评审；对未实质性响应文件要求的，谈判小组应现场告知供应商，取消其参加评标资格。

八、抽签及参与谈判

（一）实质性响应谈判文件资格要求的供应商按所抽取的谈判顺序，依次与谈判小组分别进行谈判。

（二）谈判小组将就谈判文件中的技术、服务要求、合同草案条款等与供应商一一洽谈。

（三）谈判小组可以根据谈判文件和谈判情况实质性变动采购需求中的技术、服务要求以及合同草案条款。

（四）对谈判文件作出实质性变动是谈判或谈判文件的有效组成部分，应当以书面形式同时通知所有参加谈判的供应商。

（五）谈判结束后，谈判小组将要求不少于三家参加谈判的供应商在规定时间内提交最后报价，提交最后报价的供应商不少于3家。最后报价是供应商谈判响应文件的有效组成部分。

（六）响应供应商的报价均超过了采购预算，谈判活动终止。

（七）价格谈判共有叁轮报价。叁轮报价后，评委对供应商承诺的事项进行综合评议，若出现不能明确推荐第一名或第二名的供应商时，组织与之相对应的供应商进行第四轮报价。

九、确定成交候选人

经谈判，在确定最终采购需求和提交最终报价的供应商后，推荐完全响应谈判文件所提出的各项要求、设备先进、专业技术能力优秀、价格符合市场行情者为成交候选人。

十、合同条款

根据《中华人民共和国民法典》，采购人和中标人（成交供应商）之间的权力和义务，应当按照平等、自愿的原则，依据文件要求和响应文件承诺，签订合同。

十一、供应商报名须知

（一）报名起止时间：2021年9月28日－2021年10月9日下午5时30分截止。

（二）报名地点：襄阳市第一人民医院采购管理办公室。

（三）报名联系电话：采购管理办公室 0710-3420737

（四）报名资料清单：（现场报名，复印件均需加盖公司原章）

1.法人证明或法人授权委托书（请严格按照附件1格式出具法人和受托人的身份证复印件）

2.营业执照

3.按照本采购文件“项目商务资质要求”提供相关证明材料。

4.公司承诺书（对本公司提供报名资料复印件真实性的承诺）。

（五）注意事项：

1.请报名的供应商在接到会议通知后，按要求准备好标书五份（一正四副）、项目受托人身份证原件等各类资料证件。

2.请供应商准时到达会场，迟到者，视为自动放弃，不再另行通知。

3.若采购会议前更换受托人，新受托人需携带新的法人授权委托书和相关资料到现场。

 

 

附件1：

法定代表人授权委托书

致：

我（姓名）系（单位名称） 的法定代表人，现授权委托本单位（姓名） 为该项目代理人，代表我单位参加贵院组织的（项目名称） （项目编号为： ）采购，授权事项:

委托期限：受托人在办理上述事宜过程中以其自己名义签署的所有文件我公司均予以承认。受托人无权转让委托权。

 

受托人在本单位的任职部门及职务：

受托人身份证号：

受委托人的联系方式（手机）：

 

附：1、单位法定代表人身份证复印件（复印正、反两面）

2、受托人身份证复印件（复印正、反两面）

 

委托单位（供应商）： （公章）

法定代表人（签字或个人印章）：

受委托人（签字）：

授权日期： 年 月 日

 

 

 

 

 

 

附件2：

 

单细胞测序分析需求表

详细描述

一、 睾丸组织图谱、标志基因。

1、对照组、实验组及总的睾丸组织图谱（对所有细胞进行降维聚类成多个cluster） 作图要求：首先对照组，实验组细胞类型分群各做一张图，然后两组整合后做一张包括亚群的细胞类型图。（下图参考文献Single-Cell RNA Sequencing of Human Embryonic Stem Cell Differentiation Delineates Adverse Effects of Nicotine on Embryonic Development）

2、对照组、实验组睾丸组织各细胞类型及总的标记基因（检测各个cluster的前10个标记基因进行细胞分类，确定细胞类型） 作图要求：在各组间找出各个细胞类型的差异表达基因图，上方标注组别，左侧标注细胞类型及差异基因（下图参考文献：Single-Cell RNA-seq Reveals Obesity-Induced Alterations in theBrca1-Mutated Mammary Gland Microenvironment. doi:10.3390/cancers12082235）

3、各个标记基因在各个细胞簇、细胞类型中的表达情况（直观观察各个标记基因在各个cluster中的分布，明确标志基因具有代表性） 作图要求：做出各细胞类型中各个差异基因表达的小提琴图（下图参考文献：Characterization of sheep spermatogenesis through single-cell RNA sequencing）

二、对照组、实验组各细胞类型占比变化情况（比较睾丸在BPA、NP暴露后各个cluster及细胞类型的变化）。

对照组、实验组各个cluster细胞占比（了解BPA、NP暴露对各种cluster影响情况） 作图要求：做一张图，横坐标为对照组、实验组组别，纵坐标为个细胞类型占比

三、对照组、实验组各个细胞类型差异基因（比较各细胞类型的差异基因表达，也可作为后续找到影响精子发生过程的关键基因有力依据） 作图要求：对每种细胞类型做对照组，实验组差异基因表达火山图，按照下方右测火山图做各个细胞类型差异基因火山图（下图左图参考文献Single-Cell RNA Sequencing of Human Embryonic Stem Cell Differentiation Delineates Adverse Effects of Nicotine on Embryonic Development）

四、筛选出差异基因做GO、KEGG富集分析（了解睾丸经过BPA、NP暴露后哪些生物学功能，信号通路发生改变） 作图要求：确定细胞类型后。对生殖细胞（包括所有生殖细胞）、支持细胞和间质细胞各做1次GO和KEGG富集分析并作图

五、生殖细胞中PPI网络构建，并选用几种算法（如Degree、DMNC、EPC、MCC、MNC）计算，每种算法取前10个最有意义的基因再取交集，重叠基因可认为是影响精子发生的HUB基因

1、PPI网络（了解各个差异基因之间存在的联系）： 作图要求：乙方简要讲述cytoscape软件操作方法后，提供PPI分析表格，我们自行将数据导入cytoscape中绘图。（下图参考文献The Novel Key Genes of Non-obstructive Azoospermia Affect Spermatogenesis: Transcriptomic Analysis Based on RNA-Seq and scRNA-Seq Data）

2、五种算法图（找到关键基因，以各个算法中存在交叉的基因作为关键基因） 作图要求：五种算法分别作图，每种算法做出前十个基因交互网络图（下图参考文献The Novel Key Genes of Non-obstructive Azoospermia Affect Spermatogenesis: Transcriptomic Analysis Based on RNA-Seq and scRNA-Seq Data）

六、对照组、实验组拟时序分析（比较两组拟时序分析图，了解实验组生殖细胞从哪一阶段发生改变，进而确定关键基因在哪一阶段发挥作用） 作图要求：对照组，实验组分别做一张包括生殖细胞、支持细胞、间质细胞的拟时序分析图（下图参考文献The Novel Key Genes of Non-obstructive Azoospermia Affect Spermatogenesis: Transcriptomic Analysis Based on RNA-Seq and scRNA-Seq Data）

七、关键基因在精子发生过程中的轨迹路线分析（验证关键基因在精子发生过程中的表达情况） 作图要求：分别做出各个关键基因在生殖细胞精子发生过程中的轨迹路线分析（下图参考文献The Novel Key Genes of Non-obstructive Azoospermia Affect Spermatogenesis: Transcriptomic Analysis Based on RNA-Seq and scRNA-Seq Data）